Nieduża wioska Wojkowa położona jest w rozszerzeniu górnej części doliny Wojkowskiego Potoku, około 4 km od jego ujścia do Muszynki. Wojkowa leży jest na wysokości 645–660 m n.p.m., w pobliżu grzbietu granicznego, we wschodniej części Pasma Zimnego i Dubnego (Gór Leluchowskich), niewiele ponad kilometr od granicy słowackiej. Wokół rozciągają się rozległe, bezleśne zbocza z należącymi do wsi pastwiskami, łąkami i polami uprawnymi. Po wschodniej stronie wsi ciągnie się zalesiony w górnej części grzbiet Pustej (822 m n.p.m.), po południowej grzbiet Barwinka (863 m n.p.m.), a po zachodniej pokryte łąkami wzgórze Roztoki (795 m n.p.m.).
Osada prawdopodobnie istniała już w XIII w., jako strażnica graniczna, w pobliżu której na wzniesieniu Stupne (817 m n.p.m.), na zachód, nad sąsiednia doliną, znajdował się niewielki zameczek. Obecna Wojkowa lokowana była na surowym korzeniu w 1595 r., na mocy przywileju kardynała Jerzego Radziwiłła. Zasadźcą wsi był niejaki Homa z Powroźnika. W akcie lokacyjnym zaznaczono, iż kmiecie obowiązani będą wozić wino z Węgier i inne towary dla dworu biskupiego w Muszynie. Ludność miejscowa trudniła się hodowlą i uprawą ziemi. We wsi był młyn, folusz, tartak i karczma. W Wojkowej wyrabiano też potaż i węgiel drzewny dla pobliskich hut (m.in. w Powroźniku). Pod koniec XVIII w. Austriacy zbudowali na granicy okopy, które później były często przypisywane konfederatom barskim. Po 1781 r. wieś była własnością kamery austriackiej, a od 1813 r. przeszła w ręce prywatne. Miejscowi Łemkowie uważali się za starorusinów. Wojny światowe nie dokonały tu żadnych zniszczeń. W latach 1945–1947 miejscowych Łemków przesiedlono do ZSRR i na ziemie zachodnie.
Najcenniejszym zabytkiem Wojkowej jest drewniana cerkiew greckokatolicka pw. św. Kosmy i Damiana, z 1790 lub 1792 r., z zachowanym wyposażeniem. Obecnie jest użytkowana jako kościół rzymskokatolicki.
We wsi znajdują się dwa cmentarze, stary i nowy. Położone są na zachód od cerkwi. Zachowały się na nich stare krzyże i nagrobki. W Wojkowej zachowały się także stare łemkowskie chaty (chyże), spichlerzyki, kapliczki i kamienne krzyże z XVI i XX w., a także, w centrum w pobliżu końcowego przystanku, budynek dawnej strażnicy niemieckiego Grenzschutzu z okresu II wojny światowej.
Przez centrum wsi przechodzi żółty szlak turystyczny z Muszyny do Muszynki, który na wschód od Wojkowej dochodzi do granicy państwowej.