Jego początki nie są dokładnie znane. Najprawdopodobniej, jeszcze gdy na okolicznych wzniesieniach czczono pogańskiego boga Pośwista, władca Moraw przekazał krucyfiks Mieszkowi I. Wiąże się z nim niezwykła legenda o biednym skrzypku, któremu, z nogi Chrystusa na krucyfiksie, spadł złoty trzewik. Obecnie w kościele znajduje się tylko obraz przedstawiający to wydarzenie, a sam krucyfiks jest we Włoszech. Pierwsza świątynia budowana była na planie krzyża greckiego, jako jeden z pierwszych kościołów w okolicy. W kolejnej fazie budowy otrzymał kształt trójnawowej bazyliki z prostopadle zamkniętym prezbiterium. Najstarsza wzmianka pochodzi z roku 1148, kiedy to poświęcono kościół wiązany z Piotrem Włastem. Niedługo po tym, wraz z parafią, został wcielony do kościoła Norbertanek. Przetrwał najazdy mongolskie, dając schronienie zakonnicom. Po oblężeniu Krakowa przez wojska arcyksięcia Maksymiliana Habsburga otrzymał kształt zbliżony do dzisiejszego. W następnych latach przechodził zarówno fazy silnych zniszczeń, jak i rozbudowy, wśród nich barokizację. Otoczony jest starym cmentarzem salwatorskim.