Kościół Ukrzyżowania Pana Jezusa był pierwszą kaplicą wzniesioną na stokach Żaru w latach 1600-1601. W zamyśle Mikołaja Zebrzydowskiego miała być jego prywatnym miejscem kontemplacji i modlitwy, a stała się inspiracją budowy całego kompleksu kalwaryjskiego.
Pierwotna kaplica, prawie o połowę mniejsza od obecnej, była budowana na podobieństwo Kaplicy Krzyża Świętego z jerozolimskiej Bazyliki Zmartwychwstania Pańskiego. Składała się z dwóch części, posadowionych na planie prostokąta, nakrytych dwoma kopułami.
4 października 1601 roku konsekrował ją uroczyście nuncjusz papieski Klaudiusz Rangoni. Z tej okazji kazanie wygłosił Kacper Sawicki, który wypowiedział wówczas prorocze słowa: Dziś pierwsi przybyliśmy tu na modlitwę, ale któż wie, czylito mieszkanie dzikiego zwierza, nie stanie się miejscem, do którego rzesze z odległych krain na modlitwę przybywać będą? Któż wie? Czyliż bór nie roztworzy światłu swego łona, a pieśni tysięcy ludu nie będą się w nim rozlegać zamiast głosu wilków, któremu dziś echo leśne wtóruje. Powiększenia świątyni do dzisiejszych rozmiarów dokonał Jan Zebrzydowski, syn Mikołaja, w roku 1623. Wtedy to powstała świątynia o sześciu przęsłach nakrytych spadzistym dachem, ozdobionym sygnaturką. W 1658 r. umieszczono wewnątrz trzy obrazy Franciszka Lekszyckiego: Przybicie do krzyża, Śmierć na krzyżu i Zdjęcie z krzyża, znajdujące się obecnie w jednej z zakrystii klasztoru bernardynów.
Grób Chrystusa - kościół zbudowany w latach 1605-1609 przez Pawła Baudartha, na podstawie modelu grobu Chrystusa - miniatury przywiezionej z Jerozolimy przez Hieronima Strzałę (dworzanina Mikołaja Zebryzdowskiego). Niewielka świątyńka przykryta kopułką (z wieżyczką) przechodzącą w spadzisty dach, składa się z dwóch pomieszczeń, z tzn. przedsionka Anioła i oddzielonego od niego kratą właściwego grobu Chrystusa. Znajduję się tu drewniana mensa ołtarzowa z umieszczoną figurą leżącego Chrystusa. Kopuła od wewnątrz ozdobiona jest stiukami z uskrzydlonymi główkami aniołków. Polichromia na ścianach została namalowana w 1935 r. przez Władysława Lisowskiego. Na fasadzie kaplicy zawieszone są portrety Mikołaja Zebrzydowskiego i papieża Pawła V, który nadał temu kościołowi odpust.
Pierwotna Kaplica Namaszczenia popadła w ruinę i została rozebrana w 1935 roku. Obecną wybudowano w 1936 r. Wewnątrz znajduje się obraz Namaszczenie Chrystusa pędzla Kazimierza Bieńkowskiego. Kaplica upamiętnia biblijną scenę przybycie Nikodema, który przyniósł do grobu Chrystusa mirrę i aloes do obłożenia ciała zgodnie z żydowskim sposobem grzebania.