Stróże najprawdopodobniej były elementem w systemie obronnym Polski za czasów panowania króla Bolesława Chrobrego. Osady pełniące funkcje obronne wobec granic lub ważnych szlaków handlowych często nazywane były „stróżami”. Mieszkańcy zobligowani do pełnienia roli strażniczej na trakcie handlowym wiodącym doliną Białej zapewne dysponowali warownym grodem. Pierwsze jednak historyczne wzmianki o wsi pochodzą z 1288 r. i zostały zaczerpnięte z dokumentu Leszka Czarnego, mówiącego o nadaniu kilku przywilejów benedyktynom z Tyńca, którzy w tym czasie znajdowali się w posiadaniu miejscowości. Wieś miała wtedy około 10–15 osadników i funkcjonowała na prawie polskim. Stróże były własnością rodu Jeżowskich herbu Strzemię.w okolicach przełomu XIV i XV w. Wkrótce majątek uległ podzieleniu pomiędzy różnych właścicieli. Bardzo ważnym momentem w historii miejscowości było wybudowanie kolei w latach siedemdziesiątych XIX wieku, a nawet powstanie węzła kolejowego w latach osiemdziesiątych.
W czasie I wojny światowej w latach 1914–1915 toczyły się tutaj krwawe walki, których pamiątką jest cmentarz wojskowy. Jeszcze w czasie wojny rozpoczęto wznoszenie neogotyckiego kościoła pw. Najświętszej Marii Panny Królowej Polski według projektu Adolfa Juliusza Stopfa, który uroczyście konsekrowano w 1930 r. W ostatnich latach Stróże stały się popularne w środowisku piłkarskim za sprawą Klubu Sportowego Kolejarz Stróże, funkcjonującego od 1949 r., który w sezonie 2009/2010 awansował do pierwszej ligi. W miejscowości funkcjonuje również ciekawy skansen pszczelarstwa zwany „Sądeckim Bartnikiem” oraz znany ośrodek prowadzący zajęcia z hipoterapii działający w ramach Fundacji Pomocy Osobom Niepełnosprawnym.
Cmentarz wojenny nr 131 z I wojny światowej w Stróżach znajduje się w dolinie potoku Wyskitnianka i wchodzi w skład IV Okręgu Cmentarnego Łużna. Jest dosyć obszerny. Stoi na nim 56 nagrobków, pod którymi spoczywa 95 żołnierzy austro-węgierskich, 11 niemieckich oraz 8 rosyjskich. W centrum nekropoli, zaprojektowanej przez znanego artystę Jana Szczepkowskiego, stoi pomnik, który wyróżnia się na tle innych cmentarzy tego okręgu. Istnieją przypuszczenia, że mógł zostać wybudowany przez rodziny dwóch pochowanych tutaj poruczników, niemieckiego i austro-węgierskiego, jeszcze przed realizacją projektu całego cmentarza. Otacza go wieniec, na którym przedstawiono herby: Cesarstwa Niemiec, Austrii oraz Węgier.