Skomielna Czarna w przeszłości była wsią szlachecką, założoną w XVI w. w granicach obszaru nadanego rodzinie Jordanów z Zakliczyna. Po śmierci Wawrzyńca Spytka Jordana, miejscowością władały rodziny Przerębskich, Karnkowskich i Łodzińskich, wreszcie w XIX w. – Gostkowskich i Wojakiewiczów. W 1932 r. tutejszy majątek nabyła krakowska Kasa Chorych, urządzając w nim letnisko. Niedługo przed II wojną światową swój obóz zorganizowała tutaj YMCA. W 1944 r. w potyczce z Niemcami, pilnującymi prac fortyfikacyjnych, zginęło dwóch partyzantów z oddziału AK „Limba”. W 1951 r. głośnym echem obiła się akcja Jana Sałapatka „Orła”, który wtargnął na wiec nawołujący do kolektywizacji i serią z automatu zabił jednego i ranił drugiego z działaczy komunistycznych. Tutejszym kościołem parafialnym (ukończonym w 1960 r.) opiekują się ojcowie kapucyni z Krakowa. W 1956 r. przywieźli oni do świątyni osławiony łaskami obraz Matki Bożej, przywieziony z Kołomyi przez jedną z repatriantek. Jest to kopia obrazu Matki Bożej Częstochowskiej z koronami Władysława IV, datowana na rok 1635. Dziś kościół jest sanktuarium maryjnym, a obok, w nowym budynku zbudowanym w miejscu dworu, działa Ośrodek Rekolekcyjny Św. Ojca Pio.