Lubień założono na surowym korzeniu w czasie akcji kolonizacyjnej, prowadzonej w górach przez Kazimierza Wielkiego. W 1360 r. ziemie u zbiegu Raby i Lubieńki król nadał Mikołajowi z Ujścia, celem lokacji wsi na prawie niemieckim. Wraz z kluczem wsi położnych w dolinie Raby, wieś należała od XVI w. do kasztelanii krakowskiej, a po I rozbiorze Polski była własnością księżnej Franciszki z Krasińskich, następnie rodu Carignan – Montlèart, wreszcie Lubomirskich. Od okresu międzywojennego rozwijała się tutaj turystyka letniskowa. W czasie walk w 1939 r. miejscowość poważnie ucierpiała, tracąc ok. 40% zabudowy. Zniszczeniu uległ m.in. zabytkowy, drewniany kościół z XVII w. wraz z cennym wyposażeniem. Obecna świątynia pw. św. Jana Chrzciciela została zbudowana w połowie XX w.; wewnątrz na uwagę zasługują polichromie autorstwa Stanisława Boruty. Po zakończeniu wojny w okolicy Lubnia operowały grupy partyzantki antykomunistycznej, m.in. oddział „Wiarusy”, będący pozostałością rozbitego przez UB w 1947 r. zgrupowania „Błyskawica” słynnego Józefa Kurasia „Ognia”.