Wywierzysko Chochołowskie jest wydajnym źródłem krasowym. Wypływa z niego średnio 400 l wody na sekundę o temperaturze pomiędzy 4,5 a 5⁰C. Źródło odwadnia systemy krasowe Kominiarskiego Wierchu (1829 m n.p.m.), jaskinię Szczelinę Chochołowską oraz zbiera wodę z Potoku Chochołowskiego, który częściowo zanika w rejonie leśniczówki TPN.
Wywierzyskami nazywane są w Tatrach źródła krasowe o bardzo dużej wydajności, nawet do kilkuset litrów wody na sekundę. Powstają tam, gdzie woda wędrująca podziemnymi korytarzami wytworzonymi w skałach przepuszczalnych, dociera do szczelin uskoków lub skał, które są dla wody nieprzepuszczalne. Wówczas zostaje ona zmuszona do wypłynięcia na zewnątrz. Wywierzysko Chochołowskie znajduje się na uskoku.