49°51'38"N 19°40'28"E
(49.860581, 19.674472)
387 m n. p. m.
Budynek Wyższego Seminarium Duchownego Ojców Bernardynów pw. św. Franciszka z Asyżu został wzniesiony w latach 1985-1993, według projektu zespołu autorskiego pod kierunkiem prof. Janusza Bogdanowskiego na miejscu ruiny dawnego Pałacu Czartoryskich. Pałac, wzniesiony przez Czartoryskich w latach 1714-1715 został rozebrany w 1871 r.
Początki nauki seminaryjnej w klasztorze sięgają lat z przed 1640 r. Mikołaj Zebrzydowski sprowadził do Kalwarii świetnie wykształconych ojców bernardynów z Krakowa. To właśnie oni założyli w klasztorze Studium Teologiczne, w którym wykładano aż do 1783 r. teologię moralną. Władze austriackie zlikwidowały studium, a zakonnicy zostali zmuszeni do kształcenia się w Studium Generalnym przy Uniwersytecie Lwowskim. W 1795 r., decyzją prowincjała Eukarpiusza Weigla, powołano nowicjat, który został umieszczony w skrzydle zachodnim klasztoru i oddzielony od reszty nowicjacką furtą. Wychowanie nowicjuszy należało do specjalnie mianowanego magistra. Powołany wówczas magister o. Wawrzyniec Wysoczyński, znany ze swojej gorliwości i pobożności, pełnił tą funkcję przez wiele lat. W latach osiemdziesiątych XIX w. nowicjat został zlikwidowany. Podczas I wojny światowej do kalwaryjskiego klasztoru przeniesiono ze stolicy Galicji studium lwowskie, które zostało po krótkim czasie zlikwidowane, kiedy klasztor został zamieniony na szpital wojskowy. Najzdolniejsi seminarzyści zostali wysłani na studia zagraniczne, a pozostałych niebawem odesłano do Lwowa. Na początku II wojny światowej w 1939 r. do Kalwarii znowu przeniesiono lwowskie seminarium duchowne, lokując filozofię w Alwerni, a teologię w Kalwarii. Od tego czasu w Kalwarii istnieje seminarium, obecnie jako Wyższe Seminarium Duchowne Ojców Bernardynów.