Nazwa wsi Rudnik pochodzi od darniowych rud żelaza, które – jak głosi tradycja – były tu pozyskiwane w wiekach średnich; w oparciu o ten surowiec rozwijało się wczesne kowalstwo. Wieś założona w XIII w. (lokacja na prawie niemieckim nastąpiła w 1300 r.), zachowała w dużej mierze układ łanów leśnych, charakterystyczny przede wszystkim dla wsi położonych dalej na południe. Od 1410 r. stanowiła własność starostwa lanckorońskiego. W końcu XVIII stulecia trafia w ręce prywatne. Wtedy również poprowadzono u podnóży Bukowca trakt cesarski.
Dnia 5 września 1939 r. Rudnik stał się miejscem dramatu – wskutek odwetu za śmierć w potyczce czterech żołnierzy niemieckich, oddział Wehrmachtu zamordował 23 osoby cywilne. W okresie okupacji wieś była ośrodkiem konspiracji lewicowej; od 1943 r. działała tu terenowa grupa Gwardii Ludowej (później – Armii Ludowej), pojawiały się też przechodzące w Beskidy sowieckie grupy dywersyjne. W 1946 r. wieś została odznaczona, jako jedna z pierwszych w kraju, Orderem Krzyża Grunwaldu III klasy.