Lokalna tradycja wiąże budowę pierwszego drewnianego kościoła św. Małgorzaty w Dębnie z cudownym uratowaniem przez miejscowych chłopów uciekającej przed tatarskim najazdem księżnej Kingi. Nowa, murowana świątynia powstała po 1470 r. z fundacji kasztelana krakowskiego Jakuba z rodu Odrowążów. Budowę kościoła dokończył spadkobierca Jakuba, również Jakub, zwany Szczekockim. Konsekracji świątyni św. Trójcy dokonał w 1504 r. biskup Jan, sufragan krakowski. Jak wynika z dokumentów wizytacji biskupiej, przed 1618 r. zmieniono wezwanie kościoła na starsze: św. Małgorzaty. Pomimo dbałości kolejnych dziedziców o świątynię, w latach czterdziestych XIX w. na krótko zabroniono odprawiania w niej nabożeństw, prawdopodobnie z powodu złego stanu budowli. Gruntowną renowację przeprowadzono w latach 1899–1903 pod kierunkiem krakowskiego architekta Zygmunta Hendla. Wymurowano wówczas ceglane szczyty i pokryto kościół dachówką, zamontowano nowe kamienne gzymsy, rozbudowano zakrystię oraz przykryto nawę nowym stropem.