Tęgoborze wzmiankowane jest już w XIV w. jako własność rodu Tęgoborskich pieczętujących się herbem Szreniawa. Jeszcze wcześniejsze przesłanki wspominają o obecności na tym terenie eremity, św. Justa, który miał swoją pustelnię na górze na północ od obecnej wsi. Tradycja wiąże to miejsce z pierwszym kościołem w okolicy zburzonym przez Mongołów w XIII w. Dzisiaj stoi nad Przełęczą św. Justa niewielka drewniana świątynia. Wioska przez wieki nabierała znaczenia ze względu na szlak węgierski, biegnący wzdłuż doliny Dunajca, a zawiadywały nią różne rody szlacheckie. W XV i XVI w. funkcjonował na Przełęczy św. Justa klasztor kanoników regularnych, zwanych Markami, których ostatecznie wyrzucił stąd w 1611 r. dziedzic z Tęgoborza Cyryl Chrząstowski – lokalny arianin. Zagarnął wówczas wszystkie dobra klasztorne, a zakonników rozpędził. W XVIII w. wieś przeszła na własność rodziny Stadnickich, z czasów których pochodzi tutejszy szlachecki pałacyk. Wydarzenia związane z rabacją galicyjską w 1846 r. dotknęły również Tęgoborze. Rodzina Stadnickich zdołała ujść przed zamieszkami, ale dwór został całkowicie zdewastowany przez chłopów. Ocalał również miejscowy proboszcz Antoni Wieczorek, który opisał w swoim pamiętniku całą akcję we dworze oraz różne okrucieństwa dokonywane przez lud w okolicznych miejscowościach. W drugiej połowie XIX w. właściciele się zmieniali, a pałac opustoszał. Wyjątkowe znaczenie w czasach międzywojennych miał rozwój Szkoły Szybowcowej w Tęgoborzu. Zanim rozwinęło się szybowisko na Jodłowcu Wilekim, od 1933 r. wykorzystywano stoki góry Rachów, której okolicę szczegółowo sprawdzili i oblatali piloci Leopold Kwiatkowski i Jan Skalski. Ten rok zbiegł się z datą powstania Szybowcowej Szkoły Ślizgowej Kolejowego Koła LOPP. Na Rachowie wybudowano hangar mieszczący sześć szybowców oraz organizowano pierwsze loty i szkolenia.
W czasie II wojny światowej oddano do użytku zbiornik rożnowski i część miejscowości znalazła się pod wodą. W związku z bliskością lustra wody zaczął niszczeć zabytkowy osiemnastowieczny kościół drewniany, który ostatecznie przeniesiono w latach osiemdziesiątych XX w. do Tabaszowej, gdzie jest dzisiaj świątynią parafialną. W czasie okupacji lokalna ludność była zaangażowana w działalność konspiracyjną placówki AK „Dolina” działającej w gminie Łososina Dolna. Od 1943 r. w oparciu o działalność konspiracyjną zaczął się kształtować ruch partyzancki, w obrębie którego wyróżniał się oddział Józefa Toczka ps. Topór. Najbardziej znanymi jego akcjami są ratowanie zapory wodnej w Rożnowie oraz mostu w Kurowie.
Na miejscowym cmentarzu parafialnym znajduje się wyodrębniona kwatera, w której spoczywają żołnierze polegli w I wojnie światowej. Jest to cmentarz wojenny nr 353 należący do X Okręgu Cmentarnego Limanowa. W jego obrębie pracował architekt Gustav Ludwig, który jest również autorem jego założenia. Pośrodku kwatery stoi murowany krzyż, a obok niego kilka mniejszych nagrobków. Łatwo rozpoznać pochówki rosyjskie, gdyż widnieje na nich krzyż z dwoma belkami poprzecznymi. Krzyże na nagrobkach żołnierzy austriackich są przyozdobione liśćmi lauru – symbol zwycięstwa. Co prawda Austro-Węgry wojnę przegrały, ale odniosły zwycięstwo walkach obronnych w zachodniej Galicji w tym w operacji limanowsko-łapanowskiej, która rozegrała się m.in. na Sądecczyźnie pod koniec 1914 r. Pochowanych na tym cmentarzu zostało 6 żołnierzy: dwóch austro-węgierskich i czterech rosyjskich.