Trzebunia istniała już w XIV w. jako osada smolarzy, wypalających węgiel drzewny. Od 1410 r. weszła w skład starostwa lanckorońskiego. Dopiero w 1504 r. Aleksander Jagiellończyk nadał wsi prawo niemieckie. Jest to typowa wieś łanowa, z czytelnym do dziś rozłogiem i łańcuchową zabudową położoną po obu stronach doliny. Inwentarze z XVI w. wymieniają w miejscowości duże pogłowie owiec (500 szt.), co może świadczyć o wpływach osadnictwa wołoskiego. Od XV do początku XVII w. w Trzebuni działała słynna na całą Małopolskę huta szkła, posiadająca własną malarnię i szlifiernię. Po I rozbiorze Rzeczypospolitej wieś stanowiła własność prywatną, od 1869 r. należała do rodu Lubomirskich, którzy mieli tu leśniczówkę (istnieje ona do dziś, choć jest przebudowana). W 1617 r. wybudowano pierwszy kościół, wcześniej ludzie chodzili na mszę św. przez góry do Sułkowic. Obecna świątynia pw. św. Marii Magdaleny pochodzi z 1799 r. i posiada skromne, barokowe wyposażenie (w ołtarzu głównym kopia obrazu Matki Bożej Myślenickiej). W miejscowości działa założona w 1852 r. orkiestra dęta „Orzeł”.