Modlnica w gminie Wielka Wieś należy do najstarszych wsi podkrakowskich. W jej dzisiejszych granicach stwierdzono ślady ciągłego osadnictwa wielo-kulturowego, od epoki neolitu, poprzez okres kultury łużyckiej i wpływów rzymskich aż do czasów wczesnośredniowiecznych. Powstanie i nazwa wsi (od modlenia) wiąże się z legendarnym pobytem w tym miejscu św. Wojciecha. W XIII w. Modlnica należała do klasztoru norbertanek. Pierwsza historyczna wzmianka o wsi pochodzi z 1289 r. Od XIV do XVIII w. była przemiennie własnością szlachecką, później patrycjatu krakowskiego i znowu własnością rodów szlacheckich. W XVIII w. była własnością Łętowskich, a następnie od 1782 r. aż do II wojny światowej rodziny Konopków. Przy wjeździe do wsi zwraca uwagę klasycystyczna kaplica z figurą św. Wojciecha. Na pobliskim cmentarzu wyróżniają się nagrobki rodziny Konopków z XIX w. Centrum wsi wyznacza dwór i drewniany kościół.
Dwór w Modlnicy wzniesiony został w drugiej połowie XVIII w. na (miejscu wcześniejszej budowli) przez architekta Karola Kriszkiera dla Józefa Konopki. Pierwotnie mniejszy, został rozbudowany w 1787 r. Podobny do dzisiejszego, dwór swój wygląd klasycystyczny z mansardowym dachem uzyskał w latach 1812–1820. Pod koniec XIX w. dwór był ulubionym miejscem spotkań elity artystycznej Krakowa. Konopkowie gościli tu m.in. Artura Grottgera, Walerego Eljasza Radzikowskiego, Oskara Kolberga, a w 1905 r. Włodzimierza Tetmajera który wykonał wówczas nową polichromię w tutejszym kościele pw. św. Wojciecha. W latach międzywojennych dwór nadal był ośrodkiem życia towarzyskiego. Po II wojnie światowej upaństwowiony, pozbawiony dachu popadł w ruinę. Dopiero w latach sześćdziesiątych XX w. został starannie odbudowany i przekazany Uniwersytetowi Jagiellońskiemu na jego 600-lecie. Odtąd służy jako dom pracy twórczej oraz celom reprezentacyjnym. Dwór otacza park składający się z kilku części usytuowanych na pięciu tarasach opadających ku zachodowi. Zachowane do dziś założenie tarasowe sięga XVI w., mimo że ogród był kilkakrotnie przekomponowywany w XVIII i XIX w.
Kościół parafialny św. Wojciecha w Modlnicy został wzniesiony w 1553 r. z inicjatywy ks. Jakuba Pontificjusza. Z pośród współczesnych sobie świątyń wyróżnia się nietypowym układem przestrzennym. Pierwotną, zbudowaną na planie krzyża świątynię nieco później przekształcono skracając południowe ramię transeptu, a północne zastępując w 1622 r. murowaną kaplicą Kucharskich. We wnętrzu kościoła zachowały się interesujące gotycko-renesansowe portale. Bardzo ciekawy program ikonograficzny posiada wyjątkowo cenna polichromia z 1562 r. Renesansowy fryz w prezbiterium, znakomicie komponujący się z dekoracją stropu. Przedstawia antenatów Chrystusa. Równie ciekawe są malowidła o treści moralizatorskiej, ilustrujące przypowieść o bogaczu i Łazarzu. Fundatorem tej dekoracji była patrycjuszowska rodzina Salomonów herbu Łabędź. Równie ciekawą dekorację malarską późniejszą, z VII w. posiada murowana kaplica Kucharskich. Najstarszym i bardzo cennym zabytkiem kościoła jest gotycki obraz Matki Bożej z Dzieciątkiem (Matki Bożej Modlnickiej) słynący łaskami. Jest to wyjątkowo piękny przykład małopolskiego malarstwa tablicowego z lat 1460–1470. Obraz umieszczony jest w ołtarzu głównym. Obok kościoła znajduje się wolnostojąca dzwonnica z końca XVII lub początku XVIII w. z dzwonami, gotyckim i renesansowym.