Wzgórze Rudnica zwieńczają skałki wapieni górnojurajskich, o stosunkowo rzadko spotykanych formach: skalnych przesmyków, okapów, schronisk, skalnych czy grzybów, będących przykładem tzw. ruchów masowych (oderwane wskutek zjawisk krasowych masy skalne przesuwają się w dół stoku). Pomiędzy skałkami znajduje się otwór wejściowy do liczącej około 30 m długości Jaskini Rudnickiej, która powstała ona w miejscu dawnego wyrobiska kopalni rud.
Na wzgórzu występuje ciepłolubna buczyna naskalna, zwana też storczykową, od rosnących w jej runie chronionych storczyków (tu m.in. kruszczyk szerokolistny, buławniki; czerwony i wielokwiatowy), obok których występują inne chronione rośliny kwiatowe, jak lilia złotogłów, konwalia majowa i licznie przylaszczka pospolita. Przylaszczka stała się głównym motywem logo gminy Klucze.