50°00'05"N 20°18'03"E
(50.001544, 20.300978)
211 m n. p. m.
Kłaj położony w dolinie Raby, na południowym skraju Puszczy Niepołomickiej rości sobie prawo do nazewniczego związku z Puszczą Niepołomicką ponieważ jeszcze w połowie XIII w. nazywała się ona Lasem Clay od osady Clay, w której mieścił się zarząd dóbr królewskich. Dopiero pod koniec XIV w. pojawiła się nazwa Lasu Niepołomskiego po przeniesieniu zarządu dóbr do Niepołomic. Pierwotnie większość terenu wsi należała do księcia krakowskiego, a część do klasztoru bożogrobców. Według historycznego przekazu z 1419 r. Kłaj był wsią królewską, którą przejął po I rozbiorze Polski (1772 r.) rząd austriacki na rzecz skarbu państwa. Do I wojny światowej wchodziła w skład dóbr niepołomickich. Podczas wojny duża cześć Kłaja spłonęła.
W latach siedemdziesiątych i osiemdziesiątych XX w. zostało zbudowane nowoczesne centrum wiejskie. Stoją tam budynki Urzędu Gminy, Domu Kultury, Wiejskiego Ośrodka Zdrowia (obecnie NZOZ) oraz pawilony handlowe. We wsi znajdują się zabytkowe drewniane domy oraz zagrody z przełomu XIX/XX w. Jest również zabytkowa kapliczka Matki Bożej w Koronie z 1855 r. (skrzyżowanie ul. Wójtowicza i Gęsiarni). W 1967 r. w Kłaju wybudowano nowy kościół pw. św. Józefa Robotnika projektu Antoniego Mazura, konsekrowany przez abpa Karola Wojtyłę. Do wnętrza świątyni przeniesiono trzy ołtarze z rozebranego drewnianego kościółka z 1914 r. W Kłaju działa Izba Regionalna, prezentująca ponad 300 eksponatów m.in.: pamiątki historyczne, etnograficzne i przyrodnicze, a także dawne widokówki, książki i stare dokumenty. Zupełnie odrębny dział stanowią pamiątki z okresu II wojny światowej (m.in. części samolotu płk. Wacława Króla, legendarnego uczestnika bitwy o Anglię).