Kościół i klasztor franciszkanów reformatów jest barokową świątynią pw. Stygmatów św. Franciszka z Asyżu. Wzniesiony został w latach 1624–1626 z fundacji króla Zygmunta III Wazy. Jest to pierwsza murowana świątynia małopolskiej prowincji franciszkanów-reformatów. Konsekracji kościoła dokonał bp Mikołaj Lipnicki. W połowie XVII w. dobudowano klasztor. W 1928 r. przy klasztorze wzniesiono gmach nowicjatu – obecnie Kolegium św. Antoniego z Padwy i bł. Krystyna Gondka. W kościele mieści się Sanktuarium Matki Bożej Łaskawej Księżnej Wieliczki. Obraz (1640) Matki Bożej Łaskawej czczony przez wiernych przeniesiony został do kościoła z murowanej kapliczki św. Antoniego z Padwy (patrona górników). Ocalenie Wieliczki od zniszczeń podczas działań II wojny światowej przypisywano opiece Matki Bożej Łaskawej. Kościół również jest miejscem kultu brata Alojzego Kosiby, związanego przez 60 lat swojego życia z klasztorem.